Ο Κρητικός πόλεμος (1645 - 1669)

Με αφορμή ένα πειρατικό επεισόδιο με πρωταγωνιστές τους Ιωαννίτες Ιππότες της Μάλτας ξεσπά ο Ε΄ Ενετοτουρκικός πόλεμος, που ονομάζεται και Κρητικός, επειδή το κύριο πεδίο της σύγκρουσης των δύο αντιπάλων είναι η Κρήτη. Εκτός, όμως από τις μάχες που διεξάγονται πάνω στο νησί, σημαντικές για την εξέλιξη του πολέμου είναι και οι επιχειρήσεις στη θάλασσα. Οι Οθωμανοί αποβιβάζονται στα δυτικά του νησιού το καλοκαίρι του 1645 και ως το 1648 θέτουν υπό τον έλεγχό τους ολόκληρο το νησί, με εξαίρεση το Χάνδακα και τα μικρά θαλάσσια οχυρά της Γραμπούσας, της Σούδας και της Σπιναλόγκας.

Το Μάιο του 1648 αρχίζει η πολιορκία του Χάνδακα, μία από τις πλέον μακροχρόνιες πολιορκίες στην παγκόσμια ιστορία. Κατά τη διάρκειά της, πολεμιστές από πολλές ευρωπαϊκές χώρες έρχονται στο νησί, άλλοι ως εθελοντές και άλλοι ως μισθοφόροι, για να συνδράμουν τους Βενετούς υπερασπιστές. Η πόλη υφίσταται εκτεταμένες καταστροφές από τους συνεχείς βομβαρδισμούς και τις υπονομεύσεις. Τελικά οι αμυνόμενοι συνθηκολογούν το Σεπτέμβριο του 1669 και αποχωρούν, παίρνοντας μαζί τους περισσότερους κατοίκους της πόλης και το πολύτιμο αρχείο της βενετικής διοίκησης.