Πόλεμος και θρησκεία

Στο πλαίσιο μιας εκτεταμένης προσπάθειας προσεταιρισμού του ντόπιου πληθυσμού οι Οθωμανοί προχωρούν στην ανασύσταση της ορθόδοξης Εκκλησίας στο νησί, που είχε περιθωριοποιηθεί κατά την Ενετοκρατία. Ο μοναχός της μονής Αρκαδίου Νεόφυτος Πατελλάρος, το 1646, διορίζεται από τις οθωμανικές αρχές μητροπολίτης Κρήτης, ενώ οι Λατίνοι επίσκοποι απομακρύνονται. Οι Βενετοί από την άλλη πλευρά επιχειρούν και αυτοί παρόμοια ανοίγματα προς τον ορθόδοξο πληθυσμό και καλούν στην Κρήτη τον έκπτωτο Οικουμενικό Πατριάρχη Ιωαννίκιο Β΄. Η παρουσία του και κυρίως η απόπειρά του να εγκαθιδρύσει ορθόδοξο πατριαρχείο στο Χάνδακα προκαλούν την αντίδραση του καθολικού κλήρου με αποτέλεσμα την απομάκρυνσή του.