Το Μάιο του 1941 οι γερμανικές δυνάμεις εξαπολύουν την επίθεσή τους εναντίον του νησιού. Η Μάχη της Κρήτης αρχίζει. Σφοδροί αεροπορικοί βομβαρδισμοί πλήττουν κυρίως τα αστικά κέντρα και σημαντικό τμήμα της πόλης του Ηρακλείου καταστρέφεται από τις βόμβες. Ακολουθούν μαζικές ρίψεις αλεξιπτωτιστών, οι οποίοι βρίσκονται αντιμέτωποι όχι μόνο με τα οργανωμένα στρατιωτικά σώματα, ελληνικά και βρετανικά, αλλά και με τον ντόπιο πληθυσμό. Οι μάχες διαρκούν ένα δεκαήμερο και είναι εξαιρετικά σκληρές, όμως η αεροπορική υπεροχή των επιτιθέμενων κρίνει τελικά την έκβαση του αγώνα. Αρχίζει έτσι και για την Κρήτη η δύσκολη περίοδος της γερμανοϊταλικής κατοχής. Για το Ηράκλειο η απελευθέρωση έρχεται τον Οκτώβριο του 1944, αλλά οι τελευταίοι κατακτητές αποχωρούν από το νησί μετά τη συνθηκολόγηση της Γερμανίας, το Μάιο του 1945.
