Το επόμενο πρωί τμήματα αλεξιπτωτιστών, επωφελούμενα από νέο αεροπορικό βομβαρδισμό, καταφέρνουν να εισχωρήσουν εντός των τειχών, κυρίως από τη Χανιώπορτα. Οδομαχίες ξεσπούν μέσα στην πόλη, με μεγάλες απώλειες και για τις δύο πλευρές. Τελικά, κατά τη διάρκεια της νύκτας, οι αμυνόμενοι κατορθώνουν να εκκαθαρίσουν το κέντρο και τα προάστια ως το Τσαλικάκι και τον Εσταυρωμένο.Την επόμενη μέρα το Ηράκλειο υφίσταται έναν τρομακτικό αεροπορικό βομβαρδισμό, προκειμένου να ανακουφισθούν οι σκληρά δοκιμαζόμενες δυνάμεις των αλεξιπτωτιστών.
Οι συγκρούσεις συνεχίζονται και τις επόμενες ημέρες, όμως η κατάληψη του αεροδρομίου στο Μάλεμε καθιστά τη συνέχιση της άμυνας περιττή. Τα ξημερώματα της 29ης του μήνα οι τελευταίοι βρετανοί στρατιώτες επιβιβάζονται στα πολεμικά πλοία που έχουν φτάσει στο λιμάνι του Ηρακλείου. Το μεσημέρι της ίδιας μέρας οι γερμανικές δυνάμεις καταλαμβάνουν την πόλη.