Β' Βυζαντινή περίοδος (961 - 1204)

Αφού προηγήθηκαν αλλεπάλληλες αποτυχημένες προσπάθειες, με μια καλά οργανωμένη εκστρατεία, υπό την ηγεσία του Νικηφόρου Φωκά, οι Βυζαντινοί ανακαταλαμβάνουν τελικά την Κρήτη το 961 μ.Χ. ύστερα από πολύμηνη πολιορκία του Χάνδακα. Προκειμένου να εδραιωθεί ξανά η βυζαντινή εξουσία, εγκαθίστανται στο νησί ισχυρές στρατιωτικές δυνάμεις και παλαίμαχοι στρατιώτες από άλλες περιοχές της αυτοκρατορίας. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στη διοικητική οργάνωση και στην ενίσχυση της χριστιανικής θρησκείας. Οι διοικητές και οι άλλοι ανώτεροι αξιωματούχοι προέρχονται συχνά από γνωστές και ισχυρές βυζαντινές οικογένειες, διασφαλίζοντας έτσι τη σύνδεση της τοπικής με τη βυζαντινή κοινωνία. Για τα επόμενα 250 περίπου χρόνια η Κρήτη αποτελεί ξανά τμήμα του βυζαντινού κράτους και διανύει μια μακρά περίοδο ειρήνης, με μόνη εξαίρεση την επανάσταση του δούκα Καρύκη.

Το νησί εντάσσεται ξανά ως θέμα στο σώμα της Αυτοκρατορίας με διοικητή Στρατηγό, ο οποίος εδρεύει στο Χάνδακα, όπως είναι το επίσημο όνομα της πόλης. Εκεί μετακινείται λίγο αργότερα και η έδρα της θρησκευτικής εξουσίας με μητροπολιτικό ναό αφιερωμένο στον Άγιο Τίτο. Ιδιαίτερη επιμέλεια επιδεικνύεται για την οχύρωσή της πόλης με την κατασκευή του νέου τείχους. Εξίσου μεγάλο είναι και το ενδιαφέρον για το λιμάνι, που αποκτά διαρκώς και μεγαλύτερη οικονομική σημασία. Οι διοικητικές ανάγκες και η αύξηση του πληθυσμού οδηγούν σταδιακά στην επέκτασή της εκτός των τειχών κατά τους επόμενους αιώνες.