Το μικρό λιμάνι του Χάνδακα διαδραματίζει έναν ιδιαίτερο ρόλο στη ζωή της πόλης, αλλά και ολόκληρου του νησιού. Ήδη από την αραβική περίοδο το λιμάνι αποκτά έναν ιδιαίτερα σημαντικό ρόλο, αφού από εκεί διακινούνται εμπορεύματα και ανθρώπινο δυναμικό προς τις αγορές της ανατολής. Κατά την περίοδο της ενετικής κυριαρχίας οι Βενετοί αναδεικνύουν το λιμάνι σε κέντρο του διαμετακομιστικού εμπορίου και παράλληλα σε έναν από τους σημαντικότερους ναύσταθμους του στόλου τους στην ανατολική λεκάνη της Μεσογείου. Γι' αυτό και εκτελούν σημαντικά τεχνικά έργα μεριμνώντας για την ασφάλειά του.

Η συνεχής συντήρηση και βελτίωσή του συνεχίζει να αποτελεί κυρίαρχο μέλημα των αξιωματούχων της οθωμανικής κυριαρχίας, καθώς το λιμάνι εξακολουθεί να διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στα αμυντικά και εμπορικά δρώμενα της εποχής.

Τον 19ο αιώνα, μετά από καταστροφές που προκλήθηκαν από φυσικά φαινόμενα ή και από ανθρώπινες παρεμβάσεις, το ενετικό λιμάνι αρχίζει να χάνει την ταυτότητα του. Οι σύγχρονες ανάγκες ολοκληρώνουν τη μεταμόρφωσή του, με τη διάνοιξη της παραλιακής λεωφόρου και τη δημιουργία του νέου λιμανιού.