Απαραίτητη προϋπόθεση για μια ενετική κτήση είναι η ύπαρξη ασφαλούς και πλήρως εξοπλισμένου λιμανιού. Το λιμάνι του Χάνδακα γίνεται η «ψυχή της πόλης και της νήσου», όπως το αποκαλούν οι Βενετοί, ικανό να εξυπηρετήσει τις εμπορικές τους δραστηριότητες.

Από το λιμάνι του Χάνδακα τα πλοία των Βενετών πλέουν προς την Αίγυπτο, τη Συρία, την Κύπρο, την Αρμενία, τη Ρόδο, τη Χίο και άλλες κτήσεις τους στο Αιγαίο. Γι' αυτό και στις αποθήκες του λιμανιού συγκεντρώνονται κάθε λογής εμπορεύματα: μεταξωτά, μπαχαρικά, δημητριακά και άλλα για να ταξιδέψουν στις αγορές της Ανατολής και της Δύσης.

Το εμπόριο στηρίζεται σε ένα καλά οργανωμένο σύστημα νηοπομπών. Αυτές αποτελούνται από εμπορικά πλοία που πλέουν με τη συνοδεία πολεμικών για προστασία. Το ακριβές δρομολόγιο και οι ακριβείς ημερομηνίες άφιξης και αναχώρησης από ένα λιμάνι καθορίζεται μήνες πριν αρχίσει το ταξίδι.