Στις αρχές του 20ού αιώνα το Ηράκλειο είναι το πιο σημαντικό αστικό και εμπορικό κέντρο του νησιού, με αποτέλεσμα να απαιτούνται ριζικές αλλαγές στον πολεοδομικό του ιστό, προκειμένου να καλύψει τις σύγχρονες ανάγκες του.

Με την εγκαθίδρυση της Κρητικής Πολιτείας αρχίζουν οι πρώτες καταστροφικές παρεμβάσεις και στο χώρο του λιμανιού, που ολοκληρώνονται μετά το Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο.

Αρχικά, για τη διάνοιξη της παραλιακής λεωφόρου και την επέκταση του λιμανιού, γκρεμίζεται ολοκληρωτικά ένα μεγάλο τμήμα των Νεωρίων, ο ημιπρομαχώνας των νεωρίων, η πύλη του Μόλου και η πύλη των Νεωρίων.

Ο μικρός Κούλες κατεδαφίζεται, για να γίνει προκυμαία για τη φόρτωση και εκφόρτωση εμπορευμάτων. Αργότερα, ανατολικά και ως συνέχεια του ενετικού λιμανιού, κατασκευάζεται το σύγχρονο λιμάνι, που φιλοξενεί νέες εγκαταστάσεις, καθώς και τα μεγάλα εμπορικά και επιβατικά πλοία.

Εργασίες κατεδάφισης του μικρού Κούλε και διαμόρφωσης του χώρου που άλλοτε κατελάμβανε, προκειμένου να επεκταθεί το νέο λιμάνι της πόλης, 1930 - 1940 (συλ. Λιάνας Σταρίδα)
Το νέο λιμάνι, όπως διαμορφώθηκε μετά τις εργασίες επέκτασής του, με ένα από τα πρώτα επιβατικά πλοία της εποχής, 1950 - 1960 (συλ. Λιάνας Σταρίδα)
Σύγχρονη αεροφωτογραφία του λιμανιού με τον Κούλε και τα εναπομείνοντα τμήματα από τα δύο συγκροτήματα των νεωρίων, 2004 (φωτ. Γ. Παπανικολάου)
Άποψη του Κούλε από την περιοχή "Μπεντενάκι", που αποτελεί μέρος της παράκτιας οχύρωσης, 2004 (φωτ. Εργαστήριο Πολυμέσων)