Από τις αρχές της οθωμανικής περιόδου, το 1669, ο ναός έγινε μετόχι της Μονής Σινά καθώς παραχωρήθηκε από τις οθωμανικές αρχές στους Σιναΐτες μοναχούς σε αντάλλαγμα της Μονής της Αγίας Αικατερίνης που είχε μετατραπεί σε τζαμί. Έτσι, σε όλη τη διάρκεια της οθωμανικής κυριαρχίας, ο ναός αποτελούσε καταφύγιο των χριστιανών. Στον περίβολό του έχουν ταφεί επιφανείς Ηρακλειώτες, που σκοτώθηκαν στις Κρητικές Επαναστάσεις εναντίον των Οθωμανών και στη σφαγή της 25ης Αυγούστου 1898, όπως ο Λυσίμαχος Καλοκαιρινός, πρόξενος της Βρετανίας την εποχή εκείνη.
