Ο ναός σωζόταν ερειπωμένος και παραμελημένος μέχρι το 1856, οπότε και κατέπεσε από το σεισμό. Δίπλα στο ναό υπήρχε μέχρι το 1866 ένα οκταγωνικό βαπτιστήριο και προ αυτού μαρμάρινος κίονας με σφαίρα στην κορυφή.

Μετά την κατεδάφισή του, το 1867, τα μάρμαρά του καθώς και άλλα δομικά υλικά χρησιμοποιήθηκαν στην ανοικοδόμηση του Αγ. Τίτου, στην πλακόστρωση των Τριών Καμαρών και στην είσοδο των σημερινών Δικαστηρίων. Οι μουσουλμάνοι σεβόμενοι τ' απομεινάρια (ίσως το σκευοφυλάκιο) του ιστορικού ναού έκτισαν επάνω στα ερείπιά του το ιερό Τζαμί του Φατίχ Σουλτάν Μεχμέτ ή αλλιώς Χουγκιάρ Τζαμισί, (το αυτοκρατορικό).

Το τζαμί κατεδαφίστηκε το 1912, για να βρεθεί οικόπεδο και να κτιστεί το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο Ηρακλείου.