Ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά και της Παντάνασσας αναφέρεται στους καταλόγους των εκκλησιών του Χάνδακα της εποχής της Ενετικής κυριαρχίας. Μετά από πολύχρονη αχρησία, το 1735, ο ναός ανακαινίζεται και γίνεται η μητρόπολη της πόλης και έκτοτε κέντρο των ορθοδόξων χριστιανών του οθωμανικού Χάνδακα.

Η νέα μητρόπολη συνδέεται με μια από τις πλέον φρικιαστικές στιγμές της ιστορίας του τόπου, καθώς και με το θαύμα του 1826. Ένα χρόνο μετά την καταστροφή του από το μεγάλο σεισμό του 1856, ο ναός επισκευάζεται και πάλι. Την ίδια εποχή τοποθετείται για πρώτη φορά καμπάνα.