Ο ναός έχει δύο κλίτη καμαροσκέπαστα, το βόρειο είναι αφιερωμένο στην Παναγία την Παντάνασσα (Υπαπαντή) και το νότιο στον Άγιο Μηνά. Από το ναό της πρώτης περιόδου, πριν το 1753, σώζεται ένα χαρακτηριστικό γοτθικό παράθυρο στο βόρειο κλίτος.

Το τέμπλο του, που είναι επίχρυσο και χωρίζεται με κιονίσκους, ιδιαίτερα εκείνο του κλίτους της Υπαπαντής, αποτελεί εξαίρετο δείγμα εκκλησιαστικής ξυλογλυπτικής και φέρει εξαιρετικές εικόνες του Γεωργίου Καστροφύλακα του 17^ου αιώνα.

Οι εικόνες του ναού που σώζονται μέχρι σήμερα, αποτελούν έργα Κρητών αγιογράφων του 18ου αιώνα με μεγάλη καλλιτεχνική αξία.

Πολλά από τα κειμήλια του ναού βρίσκονται σήμερα στη συλλογή της Αγίας Αικατερίνης, τα περισσότερα όμως έχουν καταστραφεί.