Στο κλίτος του Ναού της Παντάνασσας ανάμεσα σε άλλες υπάρχουν και οι εικόνες: «Η Γέννηση του Χριστού» του Γεωργίου Κυδωνιαίου, «Η Παναγία η Γαλακτοτροφούσα» και «Η Υπαπαντή» του Γεωργίου Καστροφύλακα, μια ανώνυμη εικόνα του Αγίου Μηνά και άλλες εξίσου αξιόλογες.

Στο κλίτος του Αγίου Μηνά ενδεικτικά αναφέρουμε την εικόνα του Αγίου Τίτου με δώδεκα παραστάσεις από το μαρτύριο των Αγίων Δέκα Μαρτύρων της Κρήτης, του Αγίου Μηνά με δώδεκα παραστάσεις από το μαρτύριο και τα θαύματά του και την «Πλάση του Αδάμ».

«Ο Άγιος Μηνάς, το μαρτύριο και τα θαύματά του», εικόνα από την εκκλησία Αγίου Μηνά και Παντάνασσας, 1737
«Η Θεία Λειτουργία», 16ος αιώνας (Μιχαήλ Δαμασκηνός, Ηράκλειο, Μουσείο Αγίας Αικατερίνης)
"Θεοτόκος ή Βάτος", εικόνα από την εκκλησία Αγίου Μηνά και Παντάνασσας, 16ος αιώνας (Μιχαήλ Δαμασκηνός, Ηράκλειο, Μουσείο Αγίας Αικατερίνης)