Το δεξιό κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Τίτο και το αριστερό στους Αγίους Δέκα Μάρτυρες της Κρήτης.

Η εσωτερική όψη του ναού δέχεται κατά καιρούς διάφορες αλλαγές με προσθήκες νέων στοιχείων.

Με σχέδια του αρχιτέκτονα Αναστάσιου Ορλάνδου το ξυλόγλυπτο τέμπλο και ο επισκοπικός θρόνος αντικαθίστανται με άλλα μαρμάρινα. Η αγιογράφηση του ναού ανατίθεται στον αγιογράφο Στ. Καρτάκη, που ακολουθεί πιστά τους κανόνες και τα πρότυπα της βυζαντινής αγιογραφίας.