Το 1925, μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών, ο ναός πέρασε στη δικαιοδοσία της Εκκλησίας της Κρήτης και επισκευάστηκε κατάλληλα για να αποδοθεί εκ νέου στην Ορθόδοξη Χριστιανική λατρεία. Τότε αφαιρέθηκε και ο μιναρές του. Στις 3 Μαΐου 1925, ύστερα από 256 χρόνια, έγιναν τα εγκαίνιά του και αφιερώθηκε πάλι στον Ισαπόστολο Τίτο.

Το 1930 έγινε η εικονογράφηση του Ναού από τον αυτοδίδακτο Καστρινό ζωγράφο Ευάγγελο Μαρκογιαννάκη.

Στις 15 Μαΐου 1966 πραγματοποιήθηκε με κάθε λαμπρότητα και επισημότητα η ανακομιδή της Κάρας του Αγίου Τίτου από τον Άγιο Μάρκο της Βενετίας.