Κατά την τελευταία φάση της πολιορκίας (1645-1669), οι Οθωμανοί, μετά από πληροφορίες του αξιωματικού Ανδρέα Μπαρότση που αυτομόλησε στο οθωμανικό στρατόπεδο, συγκέντρωσαν όλες τους τις δυνάμεις και τα πυρά στους δύο ακριανούς και ασθενέστερους προμαχώνες, του Αγίου Ανδρέα και της Σαμπιονάρα, πετυχαίνοντας τη κατάληψη της πόλης και στη συνέχεια τη συνθηκολόγηση και την παράδοση της από τους Βενετούς.

Στη διάρκεια της πολιορκίας, οι δύο αυτοί προμαχώνες ισοπεδώθηκαν σχεδόν ολοκληρωτικά και ανακατασκευάστηκαν από τους Οθωμανούς με νέο σχεδιασμό.