Περιορισμοί υπάρχουν μόνο στον τομέα της εξωτερικής πολιτικής. Η Κρητική Πολιτεία δεν έχει το δικαίωμα να κηρύξει πόλεμο, αν και της αναγνωρίζεται το δικαίωμα της άμυνας, εάν δεχθεί εξωτερική επίθεση.
Στις 24 Ιανουαρίου 1899 γίνονται οι πρώτες εκλογές για την Κρητική Συνέλευση. Εκλέγονται 138 χριστιανοί και 50 μουσουλμάνοι, βάσει της πληθυσμιακής αναλογίας των δύο κοινοτήτων. Στις 8 Φεβρουαρίου το νέο σώμα πραγματοποιεί την πρώτη του συνεδρίαση. Η πρώτη κρητική κυβέρνηση σχηματίζεται λίγο αργότερα, στις 29 Απριλίου, και αποτελείται από πέντε Συμβούλους (υπουργούς): Δικαιοσύνης τον Ελευθέριο Βενιζέλο, Οικονομικών τον Κωνσταντίνο Φούμη, Εσωτερικών και Συγκοινωνίας τον Μανούσο Κούνδουρο, Δημόσιας Εκπαίδευσης και Θρησκευμάτων τον Νικόλαο Γιαμαλάκη και Δημόσιας Ασφάλειας τον Χουσεΐν Γενιτσαράκη.