Το πολιτικό σύστημα

Το νέο κράτος έχει πρωτεύουσα τα Χανιά, διαθέτει δική του σημαία και δικό του Σύνταγμα. Σε ζητήματα εσωτερικής πολιτικής η Κρητική Πολιτεία έχει πλήρη αυτονομία, κοινοβουλευτικό σώμα, που εκλέγεται από το λαό - την Κρητική Συνέλευση - και δικές της υπηρεσίες. Οι πολίτες της Κρήτης έχουν ιδιαίτερη ιθαγένεια και το νέο κράτος διαφοροποιείται από την Οθωμανική Αυτοκρατορία ακόμη και στα παράσημα και τα γραμματόσημα.

Περιορισμοί υπάρχουν μόνο στον τομέα της εξωτερικής πολιτικής. Η Κρητική Πολιτεία δεν έχει το δικαίωμα να κηρύξει πόλεμο, αν και της αναγνωρίζεται το δικαίωμα της άμυνας, εάν δεχθεί εξωτερική επίθεση.

Στις 24 Ιανουαρίου 1899 γίνονται οι πρώτες εκλογές για την Κρητική Συνέλευση. Εκλέγονται 138 χριστιανοί και 50 μουσουλμάνοι, βάσει της πληθυσμιακής αναλογίας των δύο κοινοτήτων. Στις 8 Φεβρουαρίου το νέο σώμα πραγματοποιεί την πρώτη του συνεδρίαση. Η πρώτη κρητική κυβέρνηση σχηματίζεται λίγο αργότερα, στις 29 Απριλίου, και αποτελείται από πέντε Συμβούλους (υπουργούς): Δικαιοσύνης τον Ελευθέριο Βενιζέλο, Οικονομικών τον Κωνσταντίνο Φούμη, Εσωτερικών και Συγκοινωνίας τον Μανούσο Κούνδουρο, Δημόσιας Εκπαίδευσης και Θρησκευμάτων τον Νικόλαο Γιαμαλάκη και Δημόσιας Ασφάλειας τον Χουσεΐν Γενιτσαράκη.