Η εθνογραφική σύσταση του πληθυσμού της πόλης παρουσιάζει θεαματικές μεταβολές κατά την περίοδο της Αυτονομίας. Στην απογραφή του 1881 το Ηράκλειο έχει 6.361 χριστιανούς και 14.597 μουσουλμάνους κατοίκους. Το 1900, όμως, η εικόνα αλλάζει και η υπεροχή του μουσουλμανικού στοιχείου ανατρέπεται, για πρώτη φορά μετά από αιώνες - 9.744 χριστιανοί έναντι 9.565 μουσουλμάνων. Τα επόμενα χρόνια η αύξηση του χριστιανικού στοιχείου παίρνει όλο και μεγαλύτερες διαστάσεις: 11.837 χριστιανοί έναντι 8.195 μουσουλμάνων το 1907, 15.877 χριστιανοί έναντι 9.248 μουσουλμάνων το 1911. Η μεταβολή αυτή εκφράζεται το 1911 και πολιτικά, καθώς το Ηράκλειο αποκτά για πρώτη φορά χριστιανό δήμαρχο, τον Στυλιανό Γεωργίου, που διαδέχεται το μουσουλμάνο Μουσταφά Δεληαχμετάκη.