
Η παραχώρηση αυτονομίας και η εγκαθίδρυση του νέου καθεστώτος προκαλούν αίσθημα απελπισίας στο μουσουλμανικό στοιχείο. Πολλοί απ' αυτούς αρνούνται, παρά τις διαβεβαιώσεις των Ευρωπαίων και της διοίκησης για την ασφάλειά τους, να επιστρέψουν στα χωριά τους. Για όσους δεν έχουν τις οικονομικές δυνατότητες να εγκατασταθούν στα αστικά κέντρα, όπου αισθάνονται περισσότερο ασφαλείς, μοναδική λύση είναι πια η μετανάστευση σε άλλες περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Στα επόμενα χρόνια, και ειδικά την περίοδο 1898-1899, η φυγή τους παίρνει μεγάλες διαστάσεις. Πάνω από 40.000 μουσουλμάνοι υπολογίζεται ότι εγκαταλείπουν αυτήν την περίοδο την Κρήτη και εγκαθίστανται, όχι πάντα χωρίς προβλήματα, στη Μικρά Ασία, ειδικά στην περιοχή της Σμύρνης, στην Κωνσταντινούπολη, τη Συρία, τη Βεγγάζη και αλλού.


