Μετα-Μινωική έως Ρωμαϊκή περίοδο (900 π.Χ. - 330)

Στη μεταμινωική εποχή, σύμφωνα με τις ιστορικές πηγές, υπάρχει μια πολίχνη στη θέση της σημερινής πόλης, το Ηράκλειον, που ίσως πρόκειται για επίνειο της Κνωσού. Η θέση της εντοπίζεται στην περιοχή γύρω και δυτικά από το σημερινό Αρχαιολογικό Μουσείο.

Το ίδιο το ανάκτορο της Κνωσού κατοικείται μέχρι το 1100 π.Χ., ενώ μετά παραμένει ακατοίκητο και θεωρείται τέμενος αφιερωμένο στη θεά Ρέα, της οποίας υπάρχει και ναός. Η πόλη της Κνωσού συνεχίζει μέχρι την αραβική κατάκτηση.

Από τα οικιστικά λείψανα, καθώς και από άλλα ευρήματα, γνωρίζουμε ότι η μικρή πόλη του Ηρακλείου συνεχίζει, με σταδιακές επεκτάσεις, να κατοικείται σε όλη την αρχαιότητα. Τα όριά της ξεκινούν από την περιοχή που περικλείουν οι δρόμοι Δαιδάλου, Ξανθουδίδου, Μεραμβέλλου και Αρετούσας, για να καλύψει μια έκταση μέχρι και την οδό 25ης Αυγούστου και την παραλιακή λεωφόρο Σ. Βενιζέλου κατά τη Ρωμαϊκή εποχή.