Οθωμανική κυριαρχία (1669 - 1898)
Το 1669, με τη συνθηκολόγηση των Βενετών υπερασπιστών του Χάνδακα, οι Οθωμανοί ολοκληρώνουν την κατάκτηση του νησιού. Δημιουργείται το Εγιαλέτι (διοικητική περιφέρεια) της Κρήτης, με διοικητική έδρα το Χάνδακα, που πλέον ονομάζεται επίσημα Καντιγιέ (Kandiye). Η μακροχρόνια πολιορκία και η αποχώρηση του εναπομένοντος πληθυσμού μαζί με τους Ενετούς κληροδοτούν στους Οθωμανούς μία πόλη σε μεγάλο βαθμό κατεστραμμένη και έρημη. Οι συνοικίες και οι γειτονιές της πόλης αποκτούν ονόματα τουρκικής προέλευσης, ενώ η μετατροπή των περισσότερων χριστιανικών εκκλησιών σε τεμένη, τεκέδες και λουτρά σε συνδυασμό με τους επιπρόσθετους μιναρέδες αλλάζει την εικόνα της πόλης για μια ακόμη φορά.

Κατά τη διάρκεια των επαναστάσεων του 19ου αιώνα τα οχυρωμένα αστικά κέντρα του νησιού, ανάμεσά τους και το Ηράκλειο, αποτελούν το καταφύγιο των μουσουλμανικών πληθυσμών της υπαίθρου. Αυτό το γεγονός δημιουργεί πολλαπλά προβλήματα και δυσχεραίνει τη θέση των χριστιανών κατοίκων της πόλης, που συχνά υφίστανται τις βίαιες επιθέσεις των εξαγριωμένων μουσουλμάνων, όπως συμβαίνει τον Ιούνιο του 1821.

Το 1831 η Κρήτη παραχωρείται στον Μεχμέτ Αλή, ηγεμόνα της Αιγύπτου. Η αιγυπτιακή κυριαρχία διαρκεί μια δεκαετία, ως το 1840, οπότε το νησί επανέρχεται υπό τον έλεγχο των Οθωμανών.

Η πόλη παραμένει το διοικητικό κέντρο του νησιού ως τα μέσα του 19ου αιώνα, οπότε η έδρα της οθωμανικής διοίκησης μεταφέρεται στα Χανιά.

1671  |  1681  |  1691  |  1692  |  1715  |  1735  |  1770  |  1771  |  1780  |  1810  |  1812  |  1821  |  1822  |  1823  |  1824  |  1825  |  1828  |  1830  |  1831  |  1833  |  1840  |  1841  |  1850  |  1856  |  1858  |  1862  |  1866  |  1868  |  1869  |  1875  |  1878  |  1881  |  1889  |  1895  |  1897  |  1898
Άποψη του Χάνδακα και της περιοχής του. Γαλλικό σχέδιο που έγινε μετά την άλωση της πόλης από τους Οθωμανούς, 1685 (Εθνική Βιβλιοθήκη Γαλλίας)
Τουρκικός χάρτης της Κρήτης, 17ος αιώνας (Λονδίνο, Βρετανική Βιβλιοθήκη)
Τοιχογραφία που βρέθηκε σε τουρκικό κονάκι και απεικονίζεται ο Χάνδακας υπό οθωμανική κυριαρχία (Ηράκλειο, Ιστορικό Μουσείο Κρήτης, © Ε.Κ.Ι.Μ.)
Εκκλησία που έχει μετατραπεί σε καφενείο, 1900 - 1905 (Τζ. Τζερόλα, Ηράκλειο, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη)
Εκκλησία που έχει μετατραπεί σε καφενείο, 1900 - 1905 (Τζ. Τζερόλα, Ηράκλειο, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη)
1671
1681
1691
1692
1715
1735
1735
1770
1771
1780
1810
1810
1812
1821
1821
1822
1822
1823
1824
1825
1828
1830
1831
1833
1840
1841
1850
1856
1858
1858
1862
1862
1866
1866
1868
1869
1875
1878
1878
1881
1889
1895
1895
1897
1897
1898
1898
1898