Επιδημίες
Στις αρχές του 18ου αιώνα μια επιδημία, που διαρκεί τέσσερα συνεχόμενα χρόνια, προκαλεί πολυάριθμους θανάτους στον πληθυσμό του νησιού. Πρόκειται για τη γνωστή ασθένεια της πανώλης, που πλήττει την Κρήτη επανειλημμένα από τη βυζαντινή εποχή. Το 1706 το νησί βρίσκεται σε κατάσταση πλήρους απομόνωσης, καθώς για έξι ολόκληρους μήνες η ναυσιπλοΐα σταματά εντελώς Στα χρόνια της οθωμανικής κυριαρχίας τα κρούσματα είναι συχνότερα στο Ηράκλειο, κυρίως επειδή στο λιμάνι του προσεγγίζουν τα πλοία που έρχονται από λιμάνια της Ανατολής, όπως συμβαίνει τον Αύγουστο του 1780 με βενετσιάνικο καράβι που έρχεται από την Κωνσταντινούπολη.

Όταν ξεσπά η επιδημία η πόλη ερημώνει. Οι κάτοικοι κλείνονται στα σπίτια τους ή φεύγουν στην ύπαιθρο. Οι θαλάσσιες συγκοινωνίες διακόπτονται, τα καράβια δε δένουν στο λιμάνι, το εμπόριο παραλύει και ο εφοδιασμός της πόλης γίνεται προβληματικός.

1669  |  1671  |  1681  |  1691  |  1692  |  1715  |  1735  |  1770  |  1771  |  1780  |  1810  |  1812  |  1821  |  1822  |  1823  |  1824  |  1825  |  1828  |  1830  |  1831  |  1833  |  1840  |  1841  |  1850  |  1856  |  1858  |  1862  |  1866  |  1868  |  1869  |  1875  |  1878  |  1881  |  1889  |  1895  |  1897  |  1898
Άποψη οθωμανικού νεκροταφείου, 1900 - 1905 (Τζ. Τζερόλα, Ηράκλειο, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη)
1669
1669
1671
1681
1691
1692
1715
1735
1735
1770
1771
1780
1810
1810
1812
1821
1821
1822
1822
1823
1824
1825
1828
1830
1831
1833
1840
1841
1850
1856
1858
1858
1862
1862
1866
1866
1868
1869
1875
1878
1878
1881
1889
1895
1895
1897
1897
1898
1898
1898