Οθωμανική κυριαρχία (1669 - 1898)

Το 1669, με τη συνθηκολόγηση των Βενετών υπερασπιστών του Χάνδακα, οι Οθωμανοί ολοκληρώνουν την κατάκτηση του νησιού. Δημιουργείται το Εγιαλέτι (διοικητική περιφέρεια) της Κρήτης, με διοικητική έδρα το Χάνδακα, που πλέον ονομάζεται επίσημα Καντιγιέ (Kandiye). Η μακροχρόνια πολιορκία και η αποχώρηση του εναπομένοντος πληθυσμού μαζί με τους Ενετούς κληροδοτούν στους Οθωμανούς μία πόλη σε μεγάλο βαθμό κατεστραμμένη και έρημη. Οι συνοικίες και οι γειτονιές της πόλης αποκτούν ονόματα τουρκικής προέλευσης, ενώ η μετατροπή των περισσότερων χριστιανικών εκκλησιών σε τεμένη, τεκέδες και λουτρά σε συνδυασμό με τους επιπρόσθετους μιναρέδες αλλάζει την εικόνα της πόλης για μια ακόμη φορά.

Κατά τη διάρκεια των επαναστάσεων του 19^ου αιώνα τα οχυρωμένα αστικά κέντρα του νησιού, ανάμεσά τους και το Ηράκλειο, αποτελούν το καταφύγιο των μουσουλμανικών πληθυσμών της υπαίθρου. Αυτό το γεγονός δημιουργεί πολλαπλά προβλήματα και δυσχεραίνει τη θέση των χριστιανών κατοίκων της πόλης, που συχνά υφίστανται τις βίαιες επιθέσεις των εξαγριωμένων μουσουλμάνων, όπως συμβαίνει τον Ιούνιο του 1821.

Το 1831 η Κρήτη παραχωρείται στον Μεχμέτ Αλή, ηγεμόνα της Αιγύπτου. Η αιγυπτιακή κυριαρχία διαρκεί μια δεκαετία, ως το 1840, οπότε το νησί επανέρχεται υπό τον έλεγχο των Οθωμανών.

Η πόλη παραμένει το διοικητικό κέντρο του νησιού ως τα μέσα του 19^ου αιώνα, οπότε η έδρα της οθωμανικής διοίκησης μεταφέρεται στα Χανιά.