Με το σύνθημα «Ένωση ή Θάνατος» ξεσπούν στη διάρκεια του 19ου αιώνα απανωτά επαναστατικά κινήματα στο νησί, με σπουδαιότερο τη μεγάλη Κρητική Επανάσταση του 1866. Μολονότι η κύρια επιδίωξη των επαναστατών, η ένωση δηλαδή με την Ελλάδα, δεν επιτυγχάνεται, η οθωμανική εξουσία υποχρεώνεται συχνά σε παραχωρήσεις και μεταρρυθμίσεις που βελτιώνουν τη θέση του χριστιανικού πληθυσμού.
Σημαντικό ρόλο για την υπόθεση της Κρήτης διαδραματίζουν αυτόν τον αιώνα οι ευρωπαϊκές χώρες, και ιδιαίτερα η Αγγλία, η Γαλλία και η Ρωσία. Συχνά αναμιγνύονται παρασκηνιακά και υπαγορεύουν, βάσει των συμφερόντων τους, τις εξελίξεις στο νησί, καθώς το ελληνικό κράτος δεν είναι αρκετά ισχυρό να παρέμβει και οι Κρήτες δεν μπορούν να επιβάλλουν δια των όπλων την επιθυμητή γι' αυτούς λύση. Ειδικά στην τελευταία επανάσταση του 1897, η παρέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων είναι καθοριστική, καθώς επιβάλλουν στην Οθωμανική Αυτοκρατορία την προσωρινή λύση της Αυτονομίας.