Ωστόσο, για την πραγματοποίηση των έργων, επιβάλλεται βαριά φορολογία και γίνεται απόπειρα κρατικοποίησης μέρους της γης και επιβολής κρατικών μονοπωλίων σε ορισμένα προϊόντα. Τα μέτρα αυτά γίνονται το 1833 αιτία έντονων διαμαρτυριών εκ μέρους των κατοίκων: «...και το χαράτσι (κεφαλιάτικον δόσιμον) από 4 και 8 γρόσια, τα οποία μας είχεν υποσχεθή εις την αρχήν, αφού τα εδιπλασίασε και τα ετετραπλασίασε, τώρα μελετά και να τα εικοσοπλασιάση» (Αναφορά των συγκεντρωμένων χριστιανών στις Μουρνιές Κυδωνίας προς τις Μ. Δυνάμεις, 20 Σεπτεμβρίου 1833). Παρά τη βίαιη καταστολή των αντιδράσεων, η αιγυπτιακή διοίκηση υποχρεώνεται να ανακαλέσει αρκετά από τα σκληρότερα μέτρα. Τον Ιούλιο του 1840 οι Μεγάλες Δυνάμεις αποφασίζουν, εξαιτίας του πολέμου μεταξύ Αιγύπτου και Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, την επαναφορά της Κρήτης στην οθωμανική κυριαρχία.
