Με πρωτοβουλία και ευθύνη φωτισμένων ιεραρχών λειτουργούν στο νησί, κυρίως σε μοναστήρια, εργαστήρια αντιγραφής χειρογράφων. Αξιόλογες βιβλιοθήκες συναντά κανείς όχι μόνο στα μεγάλα μοναστήρια του νησιού, αλλά και σε σπίτια φιλομαθών ιδιωτών, όπως ο ιατρός Γεώργιος Νικολετάκης που ζει στο Χάνδακα κατά τα τέλη του 18ου - αρχές 19ου αιώνα. Το Σεπτέμβριο του 1863 ιδρύεται στην πόλη με πρωτοβουλία της Δημογεροντίας Ηρακλείου δημόσια βιβλιοθήκη, που διαθέτει μάλιστα αναγνωστήριο για τους μαθητές των σχολείων.
Στο πλαίσιο αυτό της πνευματικής ανάτασης αναπτύσσεται την ίδια δεκαετία έντονο το ενδιαφέρον για τις αρχαιολογικές έρευνες, με πρωτεργάτη τον Μίνωα Καλοκαιρινό. Αυτός ξεκινά την περίοδο 1878-1879 τις ανασκαφές στην περιοχή της Κνωσού, που θα συνεχίσει δυο δεκαετίες αργότερα ο Βρετανός αρχαιολόγος Άρθουρ Έβανς.
