Το 1856, επί Μουσταφά Πασά, οι στρατώνες καταστρέφονται, αυτή τη φορά από μεγάλο σεισμό. Μετά την καταστροφή τους αποφασίσθηκε η κατασκευή νέων, για να στεγαστούν οι γενίτσαροι. Αργότερα επί Μεχμέτ Αλή και Μεχμέτ Εμιν Πασά, το 1883, μπήκαν τα θεμέλια του μεγάλου οθωμανικού στρατώνα.

Οι Οθωμανοί ανέθεσαν τα σχέδια στον πρακτικό Ηπειρώτη αρχιτέκτονα Αθανάσιο Μούση, στον οποίο οφείλονται οι σχεδιασμοί και άλλων λαμπρών κτισμάτων, όπως ο Ιερός Ναός του Αγίου Μηνά και το Βεζίρ Τζαμί - ο σημερινός Άγιος Τίτος. Το νέο κτίριο, με δύο ορόφους και υπόγειο, ήταν και αυτό συνεχές, ξυλόστεγο, πετρόκτιστο, με ξύλινα πατώματα και με μεγάλους λαξευτούς γωνιόλιθους, σύμφωνα με τις πολεοδομικές συνήθειες της εποχής.

Στο στρατώνα φιλοξενούνταν τέσσερα τάγματα Γενίτσαρων, 23 οτζάκια εντοπίων (Γερλίδων), άλλα σώματα της οθωμανικής φρουράς και οι πυροβολητές. Στέγαζε αποθήκες πυρομαχικών, στάβλους, σιταποθήκες και αποθήκες. Υπήρχαν υπόγεια κρατητήρια, γραφεία, όπως το γραφείο του διοικητή, κοιτώνες, διαμερίσματα αξιωματικών κ.λπ.

Οι Τούρκοι το αποκαλούσαν "κισλάδες" από τη λέξη "Κισλάς", δηλαδή στρατώνας.