Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Οθωμανούς, το Σεπτέμβριο του 1669, η ενετική λέσχη έπαψε να εκπληρώνει τον αρχικό της προορισμό. Οι Οθωμανοί δεν είχαν ανάγκη από τέτοια Ιδρύματα, γι' αυτό και τη χρησιμοποίησαν για να στεγάσουν την ανώτερη Οικονομική Υπηρεσία της Κρήτης του Ντεφτερντάρη, που είχε σε χρήση και τη συνεχόμενη Αρμερία.

Εκεί στεγάστηκε ο Γραμματικός της Πόρτας, Kapi Yazicisi, ο Χριστιανός υπάλληλος, εκπρόσωπος των ραγιάδων και διεκπεραιωτής των υποθέσεών τους απέναντι στις οθωμανικές αρχές.

Είναι βέβαιο ότι κατά την περίοδο της οθωμανικής κυριαρχίας (1669-1898) η Λότζια δεν υπέστη σοβαρές τροποποιήσεις. Απλώς έκλεισαν τα τοξωτά ανοίγματα με κοινούς τοίχους και ξύλινα θυρόφυλλα.