Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Οθωμανούς, το Σεπτέμβριο του 1669, η Αρμερία εξακολούθησε να χρησιμοποιείται κυρίως ως αποθήκη κυριευμένων όπλων, καλούμενη και «Τσεπανές» (Kebir Cebhane), όρος που κυριάρχησε μέχρι τις μέρες μας. Είναι βέβαιο ότι κατά την περίοδο αυτή (1669-1898) οι Οθωμανοί έκαναν ορισμένες αλλαγές στο κτίριο. Έκλεισαν τις θύρες της οπλαποθήκης και έκτισαν εκ νέου, αλλά άκομψα και χωρίς καμία διακόσμηση, τη βόρεια πλευρά της που είχε, κατά πάσα πιθανότητα, καταρρεύσει κατά το σεισμό του 1856. Σύμφωνα με μαρτυρία του Ναήλ Βέη Αφεντάκη, ο τοίχος της οπλαποθήκης κτίστηκε από τον πατέρα του μεταξύ των ετών 1855 και 1860.

Σε οθωμανικό έγγραφο του 1719 αναφέρεται Διαταγή του Ντεφτερντάρη Μεχμέτ Πασά να φυλαχτεί στο Τσεπανέ το ποσό των 96496 γροσίων που είχε εισπραχθεί από τους «μουκατάδες» για την πληρωμή των γενιτσάρων.