Μετά την άλωση του Χάνδακα το ανάκτορο περιήλθε στη δικαιοδοσία οθωμανού αξιωματούχου. Από τα έγγραφα του Τούρκικου Αρχείου Ηρακλείου μαθαίνουμε ότι στέγαζε το σώμα των Γενιτσάρων.
Σε οθωμανική καταγραφή του 1670 μαθαίνουμε ότι το ανάκτορο ήταν διώροφο. Ο πάνω όροφος διέθετε 2 αίθουσες, 9 δωμάτια, μαγειρείο, 3 άνδηρα. Ο κάτω όροφος είχε 22 δωμάτια, στάβλο, αποθήκη, μια φυλακή, 3 δεξαμενές. Ακόμα, προς τη μεγάλη κλίμακα είχε 19 δωμάτια, 2 κρήνες, μια λέσχη, 4 αυλές, 3 φρέατα και 16 μαγαζιά.
Το 1763 ο Αχμέτ Κιαμήλ Πασάς έκτισε 16 μαγαζάκια (παράγκες) μπροστά από το Δουκικό Ανάκτορο που στη συνέχεια έγιναν βακουφικά, δηλαδή αφιερωμένα στο τέμενος της περιοχής (τη Βασιλική του Αγίου Μάρκου που μετατράπηκε σε τέμενος, το Δεφτεντάρ Τζαμισί) για να νομιμοποιηθεί η κυριότητά τους, με αποτέλεσμα να περιοριστεί ο χώρος της πλατείας.