Κατά την περίοδο της Αυτονομίας και την αποχώρηση των τουρκικών στρατευμάτων το κτίριο μετατράπηκε σε Νομαρχιακό κατάστημα, η λεγόμενη παλαιά Νομαρχία. Στο ίδιο κτίριο στεγάστηκε και η Οικονομική Εφορία και τα Δικαστήρια. Η Νομαρχία παρέμεινε στο κτίριο αυτό μέχρι το 1937 οπότε και μεταφέρθηκε στο σημερινό κατάστημα της πλατείας Ελευθερίας. Στη συνέχεια στεγάστηκε εκεί η Βικελαία Βιβλιοθήκη και το Γυμνάσιο Αρρένων Ηρακλείου, ενώ στα ανεξάρτητα κτίσματα του συγκροτήματος στεγάστηκε το Παλαιό Δημαρχείο και οι Επανορθωτικές Φυλακές.

Το 1941 βομβαρδίστηκε από τους Γερμανούς και ερειπώθηκε. Κατεδαφίστηκε με Απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου και στη θέση του διαμορφώθηκε το σημερινό πάρκο Θεοτοκόπουλου.