Αρχικά οι Ενετοί, μετά την εγκατάστασή τους στο Χάνδακα, αρκέστηκαν στην παλιά βυζαντινή οχύρωση. Προχώρησαν μόνο σε επιδιορθώσεις, βελτιώσεις και μετασκευές του οχυρωματικού περιβόλου και των πυλών, σύμφωνα με τα πρότυπα της Δύσης, προκειμένου να προστατεύονται από τις εσωτερικές αναταραχές που είχαν με το ντόπιο στοιχείο. Μπροστά από το τείχος κατασκεύασαν ένα λιθεπενδυμένο κεκλιμένο προπέτασμα που τελείωνε με το χαρακτηριστικό λίθινο διάζωμα ημικυκλικής διατομής, το κορντόνε (cordone), ενώ πάνω στην επιφάνεια του τείχους τοποθέτησαν θυρεούς.

Ιδιαίτερη βαρύτητα έδωσαν στην περιοχή του λιμανιού και στα παράκτια τείχη με την κατασκευή νέων τμημάτων οχύρωσης και δυο νέων πυλών.