Το 16ο-17ο αιώνα το ενετικό λιμάνι αποκτά την οριστική του μορφή. Στην είσοδό του δεσπόζει το επιβλητικό θαλάσσιο φρούριο, γνωστό σήμερα ως «Kούλες», όπως ονομάστηκε κατά την οθωμανική περίοδο.
Νότια και ανατολικά κτίζονται τα νεώρια, οι ταρσανάδες, όπου οι Βενετοί ναυπηγούν και εξοπλίζουν τα πολεμικά αλλά και εμπορικά πλοία τους.
Η περιτείχιση του λιμανιού από τους Ενετούς δημιουργεί την ανάγκη επικοινωνίας με την πόλη. Δημιουργούνται έτσι δύο πύλες, η πύλη του Mόλου και η πύλη των Nεωρίων, οι οποίες ωστόσο δε διασώζονται σήμερα.
Εικόνα του λιμανιού των αρχών του 20ού αιώνα, όπου διακρίνονται η Πύλη των Νεωρίων στα αριστερά και η Πύλη του Μόλου δεξιά, 1900 - 1905 (Τζ. Τζερόλα, Ηράκλειο, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη)
Το λιμάνι του Ηρακλείου πριν το βομβαρδισμό του 1898, όπου διακρίνεται η Πύλη του Μόλου (συλ. Λιάνας Σταρίδα)
