Το φρούριο είναι κτισμένο από ογκόλιθους πάνω σε βραχώδες έξαρμα και αποτελείται από δυο ορόφους. Η συνολική του έκταση φτάνει τα 3600 τ.μ.

Στο ισόγειο, που έχει θολωτή στέγη με μεγάλους φωταγωγούς, υπάρχουν 26 διαμερίσματα που χρησιμοποιούνταν ως κατοικίες των καπετάνιων, του Καστελλάνου, των αξιωματικών καθώς και ως αποθήκες τροφίμων, νερού (cisterna) και πολεμοφοδίων. Ταυτόχρονα, στο υγρό ισόγειο φυλακίζονταν και βασανίζονταν, πρώτα από τους Βενετούς και αργότερα από τους Οθωμανούς, οι Κρήτες επαναστάτες.

Στο δώμα, στη βόρεια πλευρά, υπήρχε ο πύργος του φάρου.