Κατά την Τουρκοκρατία μετατράπηκε σε τέμενος από τον Οικονόμο του Πορθητή του Χάνδακα Κιοπρουλή, Ρετζέπ Αγά, με το όνομα του οποίου χαρακτηριζόταν όλη η περιοχή.

Το Τέμενος ήταν γνωστό επίσης και σαν Σιβρί Τσεσμέ Τζαμισί (Τζαμί της κωνικής κρήνης) λόγω μιας κρήνης με κωνική απόληξη (αιχμηρό τρίγωνο) που βρισκόταν απέναντι από αυτό.

Μετά την απελευθέρωση της Κρήτης, η εκκλησία της Αγίας Αναστασίας κατέστη ανταλλάξιμο κτήμα όπως η πλειονότητα των κτιρίων ανεξάρτητα αν επρόκειτο για μνημεία ή όχι.

Κηρύχθηκε ιστορικό διατηρητέο μνημείο το 1947. Μέχρι σήμερα ο ναός ανήκει σε ιδιώτη και χρησιμοποιείται ως κατάστημα.