Μετά την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, ο ναός μετασκευάστηκε σε κλειστή αγορά: το κεντρικό κλίτος μετατράπηκε σε στοά ενώ τα πλάγια έγιναν καταστήματα αφού κλείστηκαν με πόρτες τα ημικυκλικά τόξα.

Από τον παλαιό ναό διατηρούνταν μόνο τα οξυκόρυφα παράθυρα του ανατολικού τοίχου και τα πέντε που βρίσκονταν στο πάνω μέρος των τοίχων των πλευρών καθώς και τα δύο διακοσμητικά ανθέμια που επέστεφαν εξωτερικά την κορυφή του ανατολικού και του δυτικού τοίχου. Στη βάση ενός από τα διαχωριστικά τόξα του βόρειου κλίτους σωζόταν μονόλιθος κίονας με εγχάρακτη επιγραφή που χρονολογήθηκε στο τέλος του 11^ου ή στις αρχές του 12^ου αιώνα - προερχόμενος από τον παλαιότερο βυζαντινό ναό που αποκαλύφθηκε κατά τις ανασκαφικές έρευνες που διενεργήθηκαν μετά την κατεδάφιση της Madoninna.