Όταν ο ναός μετατράπηκε σε τέμενος της Βασιλομήτορος Βαλιδέ Σουλτάνας έγιναν κάποιες αρχιτεκτονικές τροποποιήσεις. Στο νότιο τοίχο προστέθηκε το μιχράμπ (κτιστή κόγχη προσευχής). Στη βορειανατολική εξωτερική γωνία κατασκευάστηκε μιναρές και εσωτερικά, σε τμήμα του βόρειου τοίχου, προστέθηκε γυναικωνίτης που στηρίχθηκε και αυτός σε πρόσθετη κιονοστοιχία.
Το Βαλιδέ Τζαμί, ενετικός ναός του Σωτήρα, στα τέλη του 19ου αιώνα (Ηράκλειο, Ιστορικό Μουσείο Κρήτης, © Ε.Κ.Ι.Μ.)
Το εσωτερικό του ναού του Σωτήρα ως τζαμί, 1900 - 1905 (Τζ. Τζερόλα, Ηράκλειο, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη)