Ο ναός του Σωτήρος ήταν δρομική ξυλόστεγη βασιλική εκτός από το ιερό που ήταν στεγασμένο με τρούλο. Είχε σχήμα επιμήκους ορθογώνιου παραλληλόγραμμου διαστάσεων 15 μ. πλάτους και 40 μ. μήκους, με ορθογώνιο ιερό στην ανατολική στενή πλευρά. Το ιερό ήταν καλυμμένο από κλειστό γοτθικό υπερυψωμένο σταυροθόλιο με ισχυρές ημικυλινδρικές νευρώσεις από λαξευτούς πωρόλιθους. Στον ανατολικό τοίχο του ιερού υπήρχαν τρία στενά οξυκόρυφα παράθυρα με απλά πώρινα πλαίσια.

Ο κυρίως ναός εμφανίζει μοναδική ενότητα εσωτερικού χώρου χωρίς κιονοστοιχίες, το δε πάχος των περιμετρικών τοίχων του ναού ήταν πάνω από 1 μέτρο και το ύψος πάνω από 15 μέτρα· έφεραν δε εξωτερικά, ανά μικρές αποστάσεις, παραστάδες από λαξευτούς ισόδομους πωρόλιθους που λειτουργούσαν ως αντηρίδες. Μεταξύ των παραστάδων αυτών υπήρχαν ορθογώνια οξυκόρυφα παράθυρα. Στην πρόσοψη του ναού η μεγάλη πύλη εισόδου ήταν επίσης οξυκόρυφη με ανάγλυφο πώρινο πλαίσιο.

Τα χαρακτηριστικά αυτά που εντάσσουν το μνημείο στη γοτθική ναοδομία δεν υπήρχαν σε κανένα άλλο ενετικό μνημείο του νησιού του 13^ου και 14^ου αιώνα. Σε όλη τη διάρκεια της ενετικής κυριαρχίας, ο ναός λειτούργησε σαν καθολικό της Μονής των Αυγουστινιανών μοναχών.