Ο ναός της Τριμάρτυρης ανήκε στο τύπο της τρίκλιτης βασιλικής και βρισκόταν μεταξύ των σημερινών οδών 1866 και Θεοδοσάκη. Θεωρείται μία από τις σημαντικές ορθόδοξες εκκλησίες του Χάνδακα και ιδιαίτερα επιβλητική σύμφωνα με τις πηγές. Στο χώρο της βρισκόταν ο τάφος του αρχιερέα και λογίου Μάξιμου Μαργούνιου (1549-1602).

Δε γνωρίζουμε πότε ακριβώς κατασκευάστηκε ούτε πότε καταστράφηκε το μνημείο. Πάντως υπήρχε στην ενετική περίοδο, καθώς καταγράφεται ότι στην Τριμάρτυρη ανήκαν τα υγειονομικά ιδρύματα που υπήρχαν στη σημερινή οδό 1821 (via della spedale = οδός των νοσοκομείων). Ο ναός δε συμπεριλαμβανόταν στον κατάλογο των διατηρητέων μνημείων που συντάχθηκε το 1947, πιθανόν λόγω του ότι ήταν εγκλωβισμένος ανάμεσα σε μεταγενέστερες παράγκες-καταστήματα.

Την περίοδο της οθωμανικής κυριαρχίας ο ναός της Τριμάρτυρης μετατράπηκε σε τζαμί με την επωνυμία Αβδουρραχμάν Αγά Τζαμισί. Μέχρι σήμερα στο εσωτερικό του καταστήματος τυροκομικών Μανουρά, επί της οδού 1866, σώζεται το μιχράμπ του τζαμιού. Δεν γνωρίζουμε αν σώζονται άλλα τμήματα του ναού μέσα στα παλιά παρακείμενα κτίρια.