Στη διάρκεια της ενετικής κυριαρχίας η Εκκλησία της Κρήτης βρίσκεται μεταξύ της επιρροής Δύσης και Ανατολής. Καθώς η πολιτική στάση των κατοίκων συνδέεται με τη θρησκευτική τους πίστη, οι Βενετοί επιχειρούν να απομονώσουν την Κρήτη από το Ορθόδοξο Πατριαρχείο. Έτσι απαγορεύουν τη χειροτονία ιερέων, καταργούν τις ορθόδοξες επισκοπές, στερούν την Εκκλησία από την περιουσία της. Στις θέσεις των ορθόδοξων επισκόπων τοποθετούνται Λατίνοι, ενώ προϊστάμενοι του ορθόδοξου κλήρου ορίζονται οι πρωτοπαπάδες.

Οι σχέσεις μεταξύ ορθόδοξων και καθολικών είναι ένα από τα μεγαλύτερα προβλήματα της ενετικής περιόδου με πολιτικές προεκτάσεις. Οι Κρητικοί αντιδρούν στην προπαγάνδα των καθολικών.

Έχοντας ως γνώμονα την κοινή γλώσσα, την κοινή θρησκεία και την κοινή καταγωγή, οι Κρητικοί ταυτίζονται με τους άλλους κατοίκους της Βυζαντινής αυτοκρατορίας. Μέσα από αυτό το δρόμο, η θρησκευτική στάση συνδέεται με την εθνική συνείδηση.