Τα άμεσα αποτελέσματα της οθωμανικής κατάκτησης είναι διπλά. Από τη μια τα εκκλησιαστικά μνημεία του Χάνδακα μετατρέπονται σε τζαμιά, λουτρά, αποθήκες, στρατώνες ακόμα και δημόσια ουρητήρια.

Από την άλλη, η Κρητική Εκκλησία αποκτά προνόμια πνευματικά, διοικητικά, δικαστικά και οικονομικά, που αφορούν στους ορθόδοξους πληθυσμούς, με αντίστοιχη υποχρέωση την πληρωμή φόρου, σύμφωνα με την πάγια πολιτική των σουλτάνων.

Η θρησκευτική λατρεία παραμένει ελεύθερη, στη θεωρία τουλάχιστον, γιατί στην πράξη οι αρχές της ανεξιθρησκίας και της ανεκτικότητας δεν ακολουθούνται συστηματικά.