Ο Άγιος Ιωάννης έχει τη μορφή δίκλιτης δρομικής βασιλικής. Τα δύο κλίτη επικοινωνούσαν μεταξύ τους με 4 τόξα που στηρίζονταν σε παραστάδες.

Το νότιο κλίτος στεγαζόταν με δίκλιτη στέγη και διασώζεται ολόκληρο μέχρι σήμερα καθώς και η εσωτερική ξύλινη οροφή. Στην ανατολική πλευρά του σώζονται δύο τρούλοι (ο ένας ημιερειπωμένος) χωρίς τύμπανο, πιθανότατα προσθήκες της οθωμανικής περιόδου. Διακρίνονται επίσης τα ξύλινα ζευκτά της στέγης και τα τόξα.