Στην οθωμανική περίοδο, ο Άγιος Ιωάννης μετατράπηκε σε τέμενος του Μαχμούτ Αγά ή Σεϊτάν Ογλού (δαιμόνιος άνθρωπος), με την προσθήκη μικρού μιναρέ στη θέση παλαιότερου κωδωνοστασίου. Μέχρι και πρόσφατα, όλη η περιοχή γύρω από τον Άγιο Ιωάννη ονομαζόταν περιοχή Σεϊτάν Ογλού. Σε οθωμανικό κώδικα του 1854 το τέμενος αναφέρεται ως ημιερειπωμένο. Μετά την αποχώρηση των μουσουλμάνων, το μνημείο κατέστη ανταλλάξιμο και πουλήθηκε στους αδελφούς Σεφέρογλου ή Σεφεριάδη.