Πάγιο πρόβλημα της πόλης του Χάνδακα είναι η απουσία πηγαίων υδάτων. Γι' αυτό και σε όλη την πόλη υπάρχουν πολυάριθμα πηγάδια και δημόσιες και ιδιωτικές δεξαμενές, όπου οι κάτοικοι συγκεντρώνουν τα βρόχινα ύδατα.

Μεγάλες δημόσιες δεξαμενές για τις ανάγκες της φρουράς και των πολιτών υπάρχουν απέναντι από τους στρατώνες του Αγίου Γεωργίου (Οι δεξαμενές του Αγίου Γεωργίου Πολυστύλου), στο δουκικό μέγαρο, στην περιοχή του Ναού του Αγίου Τίτου και στο λιμάνι, κοντά στους ταρσανάδες, η μεγάλη δεξαμενή του Zane.

Επιπλέον, πλανόδιοι πωλητές μεταφέρουν από τον Κατσαμπά νερό και το πουλούν στους δρόμους της πόλης. Σε περιπτώσεις εχθρικής απειλής μία από τις κύριες μέριμνες της διοίκησης της πόλης είναι η κατασκευή και επισκευή των δεξαμενών νερού.