Σήμερα ο ναός της Αγίας Αικατερίνης λειτουργεί ως μουσείο. Στο χώρο του στεγάζεται έκθεση της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης με αντιπροσωπευτικά έργα της Κρητικής Αναγέννησης ανάμεσα στα οποία ξεχωριστή θέση κατέχουν οι φορητές εικόνες του Μιχαήλ Δαμασκηνού.

Επίσης εκτίθενται συλλογές με εκκλησιαστικά σκεύη, βιβλία, άμφια και αποτοιχισμένες τοιχογραφίες.

Το σύγχρονο μουσείο




βιογραφίες
γλωσσάρι
Εσωτερική άποψη του ναού που λειτουργεί σήμερα ως Μουσείο, 2004 (φωτ. Βασίλης Κοζωνάκης)
Το κεντρικό κλίτος του ναού, 2003 (φωτ. Βασίλης Κοζωνάκης)
Εικόνες της Κρητικής Σχολής Αγιογραφίας, 2003 (φωτ. Βασίλης Κοζωνάκης)
Άποψη από το εσωτερικό του ναού της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, 2004 (φωτ. Βασίλης Κοζωνάκης)
Άποψη από το εσωτερικό του Μουσείου της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, 2004 (φωτ. Βασίλης Κοζωνάκης)