Στη διάρκεια της B΄ Βυζαντινής περιόδου ο ναός του Αγίου Τίτου, ο επισημότερος και μεγαλύτερος στο Χάνδακα, γίνεται η Μητρόπολη της νέας Επισκοπής της Κρήτης. Αργότερα οι Βενετοί εγκαθιστούν στο ναό Λατίνο αρχιεπίσκοπο μετατρέποντάς τον σε Επισκοπή Λατίνων.

Βρίσκεται στην οδό 25^ης Αυγούστου, δίπλα στην ενετική οπλαποθήκη (Αρμερία) και την Ενετική λέσχη (Λότζια).

Στη διάρκεια της μακραίωνης ιστορίας του ο ναός καταστράφηκε επανειλημμένως από σεισμούς και πυρκαγιές. Ωστόσο, οι εκάστοτε κυρίαρχοι φρόντιζαν άμεσα για την αποκατάστασή του, καθώς αποτελούσε το σημαντικότερο μνημείο της πόλης. Το 1925, μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών, ο ναός πέρασε στη δικαιοδοσία της Εκκλησίας της Κρήτης.