Ο Ναός Πέτρου και Παύλου χτίστηκε κατά τους πρώτους χρόνους της βενετσιάνικης κυριαρχίας ως Καθολικό της Μονής του Τάγματος των Δομηνικανών (Domenicani Predicatori). Αποτελεί ένα από τα παλαιότερα μνημεία αρχιτεκτονικής των Κιστερκιανών Μοναχών του 12ου αιώνα, τόσο στην Ευρώπη όσο και στην Ελλάδα.

Στη διάρκεια της ενετικής κυριαρχίας γίνονταν ταφές επιφανών ηγετών της Κάντια, ενώ από τα πρώτα χρόνια της οθωμανικής κυριαρχίας, ο Άγιος Πέτρος μετατράπηκε σε μουσουλμανικό τέμενος στη μνήμη του Σουλτάνου Ιμπραήμ.

Το κτίριο υπέστη εκτεταμένες καταστροφές από σεισμούς που έγιναν από τον 14^ο μέχρι τον 18^ο αιώνα.

Βρίσκεται δίπλα στο θαλάσσιο τείχος, μεταξύ του ενετικού λιμανιού και της Πύλης Δερματά, στη σημερινή παραλιακή λεωφόρο Σοφοκλή Βενιζέλου.

Σήμερα, γίνονται εργασίες αποκατάστασης και αναστήλωσής του προκειμένου να λειτουργήσει ως επετειακός ναός.