Στην ενετική περίοδο καταγράφηκε ως ορθόδοξος ναός με την επωνυμία Άγιος Γεώργιος Δωριανός. Από την οθωμανική περίοδο και μετά ο ναός καθιερώνεται ως αρμενικός και αφιερώνεται στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο. Φαίνεται ότι ίσως και κατά την ενετική κυριαρχία, τουλάχιστον μεταξύ των ετών 1352-1362, ήταν Αρμενικός· τα τρία κλίτη του έφεραν τα ονόματα της Παναγίας Θεοτόκου, του Αγίου Σεργίου και των Αγίων Σαράντα αντίστοιχα.

Σήμερα ο ναός έχει μεταβληθεί ριζικά και μόνο η νότια πόρτα του διατηρεί ακόμα την αρχική της μορφή.