Ο ναός αποτελεί ευρύχωρη τρίκλιτη δρομική ξυλόστεγη βασιλική με υπερυψωμένο το μεσαίο κλίτος. Τα κλίτη επικοινωνούσαν μεταξύ τους με δύο σειρές κιόνων που σχημάτιζαν τόξα. Η στέγη στο μεσαίο κλίτος είναι δίρριχτη και στα πλαϊνά μονόρριχτη. Ένα προστέγασμα προς τα δυτικά αποτελούσε ένα είδος νάρθηκα απ' όπου μέσω τριών μεγάλων τοξοτών ανοιγμάτων γινόταν η προσπέλαση στα κλίτη του ναού.

Σύμφωνα με την περιγραφή του Τζ. Τζερόλα, «δύο σειρές οκτάγωνες παραστάδες και ένα ζευγάρι κολώνες με ωραία κορινθιακά κιονόκρανα λεπτοεργασμένα υποβαστάζουν τα οξυκόρυφα τόξα με τα οποία επικοινωνούσαν τα κλίτη μεταξύ τους. Τα δοκάρια της εκκλησίας είναι ζωγραφισμένα. Τα παράθυρα είναι καινούργια όπως και το υπόστεγο που είναι μπροστά στην πρόσοψη.»

Τη βόρεια πλευρά του ναού διέτρεχε κλειστό θολωτό διαβατικό (chiostro), του οποίου οι γενέσεις των τόξων διακρίνονται και σήμερα στην οδό Δικταίου Άντρου.

Το εσωτερικό του ναού της Παναγίας των Σταυροφόρων
Η Παναγία των Σταυροφόρων στη σημερινή της μορφή μετά την αναστήλωση